小型ドームの中のさなぎからモナーク蝶が羽化すると、きしむような異音も止まった。状況を理解できないリンダだが、ジョーとノリーは彼女に落ち着かせる。
ドーム内を舞う蝶がドームに触れると、そこから黒ずみが広がった。それと同時に屋外から差し込む光がみるみる暗くなっていく。外のドームにも小型ドームと同じように黒ずみが広がっているのだった。住民たちが状況を理解する間もなく、ドームは黒く覆われてしまう。
周囲の異常から、リンダは無線で関係者に呼び掛け、小型ドームを押収することに決める。ジム、ジュニアは各々ベンの自宅に向かう。
真っ黒になった小型ドームは再び異音を発し始める。手を触れて止めようとするジョーとノリーだったが、それをリンダが制止し、代わりに触れる。すると彼女は弾き飛ばされ気を失ってしまう。
そこにジュニアが現れる。小型ドームをジムに見せようとするジュニアだったが、ジョー、ノリーの説得により、ジムに押収される前に運び出すことにする。
ジュリアはアンジーと共に警察署を訪れ、地下牢のバービーと再会する。バービーはアンジーがとってきた地下牢のカギによって解放される。
しかし、警察署に戻るとフィルに鉢合わせしてしまう。とっさにフィルを蹴り、気絶させるバービー。手錠のカギが見つからないまま、3人は脱出しようとするが、そのときアンジーが持っていた警察無線からジョーの声が聞こえてくる。ジョーは「昔、母さんの鏡を割ったときに隠れた場所で落ち合おう」と言う。
その場所はセメント工場だった。アンジー、バービー、ジュリアが到着すると、黒い小型ドームの一部が手形に赤く光り始めた。
小型ドームに手を触れる4人。ドームは白く光はじめ、やがて割れる。小型ドームの破壊を喜ぶ面々だったが、モナーク蝶も地に落ちていた。絶望しそうな状況だったが、蝶は息を吹き返したように動き始め、やがて宙に舞う。蝶はバービーのそばを舞い、ジョーは彼が王であると確信する。
ジムが小型ドームの行方を捜して町を車で回っていると、住民たちが教会に集まっていた。住民たちは今の状況が聖書にかかれている終末の時だと考えているのだった。ジムは教会の祭壇の前に立ち、不安がる住民たちに、正しいことをすれば光が差すと聖書にも書かれていると述べる。
割れた小型ドームから出てきた卵が光り、小刻みに揺れ始めた。その揺れはやがて工場全体に広がる。その場を逃げようとする面々だったが、ジュリアだけは卵に吸い寄せられるように手を伸ばし、それを抱きかかえる。すると卵の光と揺れは収まり、バービーは彼女が王だと言う。
しかし、王など存在せず、卵は本当の権威者である父が持つべきだと主張するジュニアは、ジュリアに拳銃を向け卵を渡すように言う。ジュリアはとっさに卵をアンジーに投げ、受け取ったアンジーはその場から走り出す。
後を追おうとするジュニアだったが、バービーが体当たりし、その間にジュリアも逃がす。しかし、両手を拘束されたままのバービーはジュニアに制圧され、捉えられる。
ジムはフィルに大工を集めるように指示を出す。住民をまとめるために必要な儀式を行うと言い、フィルは恐れながらもその指示に従う。
そのころリンダはジョーの自宅の納屋を捜索しており、壁に「ピンクの星が落ちてくる」と書かれているのを見つけ、無線でジムに報告する。ジムはその言葉を聞いて驚き、リンダに自宅のアトリエに来るように言う。
アトリエでジムは妻が描いた絵を彼女に見せる。そこには黒い卵とピンクの星が描かれていた。
森の中に逃げ込んだジュリア、ジョー、ノリー、アンジーの4人。これからどうすればいいか悩み、ノリーが卵を抱いて何かを感じないか試す。卵は何も言葉を返さなかったが、アリスの幻影が現れる。
アリスの幻影は人間とのコミュニケーションのために家族の姿を借りていると言う。なぜ自分たちを罰するのかと問うアンジーだったが、アリスはドームは守るためにあるものだ、闇を払うためには卵を守って光をともさなければならないと告げる。
そして、4人が目をそらしている間に幻影は姿を消す。
バービーがジュニアの手によって警察署に連れ戻されると、警察署前では大工たちが絞首台を設営しているところだった。
ジムは警察無線を使い、ジュリアに呼び掛ける。1時間以内に卵を提供しなければバービーを絞首刑に処すると告げる。
ジムが無線を置くと、ジュニアが部屋にやってきた。ジムは大切な人たちのために何でもできる人が素晴らしい人だという妻の言葉を彼に聞かせる。そして、町を守るために殺人を行ったことを告白する。しかし、それは必要なことだったと自ら正当化し、自分たち家族は選ばれた人間なので役割を果たさなければならないと言う。
何も口答えできないジュニアはそのままジムの抱擁を受け入れる。
バービーを救うために卵を差し出すか相談するジュリアと3人。しかし、ジュリアは「何もしない」という決断を下し、3人に安全な場所に隠れるように言う。そして、卵を持って湖のほとりに向かう。
そのころ、バービーは住民たちが集まる中、絞首台に立たされていた。ジムは混沌を払うために彼を極刑に処することを宣言する。ジュニアの手によってロープを首に巻かれるバービー。ジュニアは彼の足元を開くレバーに手をかける。
ジュリアはボートで湖に出、その手から卵を水中に落とす。すると水がピンクに輝き始め、多量のピンクの光が天に上り始める。
ジムはその光がドームによる祝福だと言い、バービーの処刑を執行するようにジュニアに指示する。ためらうジュニア。
光はやがてドーム全体を覆い、ドームは白く輝き始める。
